In januari 2024 maakte Michiel Jonckheere de overstap van de technische staf van tweedeklasser KV Oostende naar de U18 van Club NXT, waar hij hoofdcoach werd. Sinds maart 2024 is hij aan de zijde van Nicky Hayen assistent-trainer bij Club A.
Jonckheere doorliep als speler verschillende jeugdreeksen bij Blauw-Zwart, waarna hij als profvoetballer het logo van KV Oostende en KV Kortrijk verdedigde. In 2022 hing Jonckheere de schoenen aan de haak en begon hij zijn trainerscarrière bij de U18 van Oostende. Michiel groeide al snel door tot assistent coach van het eerste elftal en sprong de laatste wedstrijden van zijn periode bij KVO in als interim hoofdcoach. Ook bij Club Brugge stond hij al eens aan het roer van de A-ploeg, in de kampioensmatch van het seizoen 2023/24 tegen Cercle.